Analytiker väntade sig att kärn-KPI skulle ha sjunkit 0,4 procent jämfört med samma månad föregående år, enligt Bloomberg News snittprognos.
Det nationella KPI sjönk 0,5 procent i årstakt, väntat var -0,5 procent.
KPI exklusive både färska livsmedel och energi steg 0,2 procent, väntat var en uppgång på 0,2 procent.
Livsmedelspriserna steg 0,6 procent i augusti jämfört med samma månad 2015. Priserna på färska livsmedel sjönk samtidigt 1,7 procent.
KPI i Tokyoområdet sjönk 0,5 procent i september, jämfört med samma månad föregående år. Analytikerna hade räknat med att priserna skulle ha sjunkit 0,5 procent.
Kärn-KPI för Tokyoområdet sjönk samtidigt 0,5 procent, väntat var en nedgång med 0,4 procent. KPI exklusive både färska livsmedel och energi sjönk 0,1 procent, förväntningarna pekade här mot att priserna skulle ha stigit 0,1 procent.
Japans industriproduktion steg preliminärt 1,5 procent i augusti jämfört med månaden före och ökade med 4,6 procent jämfört med samma månad året före.
Analytiker hade väntat att produktionen skulle ha stigit med 0,5 procent från månaden före och ha ökat med 3,4 procent jämfört med samma månad föregående år, enligt Bloombergs News enkät. I juli sjönk industriproduktionen med 0,4 procent jämfört med månaden före och sjönk med 4,2 procent jämfört med samma månad året före.
Annan statistik visade att den japanska arbetslöshetsnivån steg till 3,1 procent i augusti, från 3,0 procent i juli, väntat 3,0 procent, medan de japanska hushållens konsumtion sjönk 4,6 procent i augusti jämfört med samma månad föregående år. Analytiker hade väntat sig en nedgång med 2,1 procent.
Föregående månad sjönk konsumtionen 0,5 procent jämfört med samma månad föregående år.