Det sade kommissionens vice ordförande för EMU Valdis Dombrovskis vid en presskonferens på onsdagen.
"Vi vill att företagsbeskattningen ska vara rättvis och tillväxtfrämjande. Varje bolag, stort eller litet, måste betala sin del av skatten i landet som den gör vinst", sade han efter en orienteringsdebatt bland de 28 kommissionärerna inför kommande initiativ. En handlingsplan ska läggas fram i juni.
Övergången till en konsoliderad skattebas ska ske stegvis.
Alla beslut i skattefrågor kräver dock enhällighet bland EU-länderna.
På onsdagen undertecknade EU och Schweiz ett avtal om automatiskt utbyte av finansiell information för att förhindra skatteundandragande.
