Mannen, Navinder Sarao som handlat från sitt hem i London, arresterades av brittiska myndigheter på tisdagen.
Enligt åklagare har han använt en trimmad version av en vanlig handlarapplikation för att manipulera ett futures-kontrakt, vilket i förlängningen bidrog till stora kursras för en mängd aktier, rapporterar Wall Street Journal.
Navinder Sarao var vid tillfället 31 år och sägs under åren 2010-2014 ha tjänat 40 miljoner dollar genom att manipulera marknaden. På flash crash-dagen blev vinsten enligt åklagaren 879.000 dollar.
Flash crashen innebar att kurserna för en rad bolag kollapsade, i flera fall till bara 1 cent, för att minuter senare vända tillbaka. Krashen ledde till att nya handelsregler, bland annat automatiska handelsstopp vid stora kurrörelser, infördes.