"Ett utmärkande drag för virtuella valutor är att deras värde varierar kraftigt. Dessutom saknas konsumentskyddande regler för sådana investeringar och den information som lämnas vid försäljningen kan vara missvisande", skriver FI.
Enligt varningen, som tagits fram tillsammans med Europeiska värdepappers- och marknadsmyndigheten (Esma), Europeiska bankmyndigheten (EBA) och Europeiska försäkrings- och tjänstepensionsmyndigheten (Eiopa), kan det också vara svårt att sälja de virtuella valutor som köpts.
"Ett annat problem är att pristransparensen är bristfällig - både som köpare och säljare kan det vara svårt att veta om man har fått ett rättvisande pris när man handlar med en virtuell valuta", skriver FI.
Finansinspektionen pekar också på att tekniken är känslig för olika typer av avbrott.