Google har missbrukat sin dominernade marknadsställning inom sökmotorer för att ge olagliga fördelar för sin egen jämförande shoppingtjänst.
Det tillkännagav kommissionen i ett pressmeddelande på tisdagen.
Google måste sluta med detta beteende inom 90 dagar. Annars tillkommer böter på upp till 5 procent av den dagliga världsomsättningen för Googles moderbolag, Alphabet.
"Googles strategi för jämförande shoppingtjänst var inte bara att locka till sig kunder genom att göra sin produkt bättre än konkurrenterna", sade EU:s konkurrenskommissionär Margrethe Vestager i ett uttalande.
"I stället missbrukade Google sin dominerande marknadsställning som sökmotor för att gynna sin egen tjänst i sökresultaten, och degradera konkurrenternas", fortsatte hon.
Google Shopping (tidigare kallat Froogle och Google Product Search) tillåter kunder att jämföra varor och priser på nätet, och hitta fördelaktiga erbjudanden, inklusive på Amazon och eBay.
Sedan Google inledde sin regelvidriga verksamhet har trafiken för Googles tjänst ökat 45 gånger i Storbritannien, 35 gånger i Tyskland, 19 gånger i Frankrike, 29 gånger i Nederländerna, 17 gånger i SPanien och 14 gånger i Italien.
Konkurrenternas trafik har minskat avsevärt. Kommissionens undersökning fann exempel på nedgångar mellan 80 och 92 procent i Storbritannien, Tyskland och Frankrike.
Bötesbeloppet tar hänsyn till varaktigheten av konkurrensbrottet och skadan som har uppkommit.
Det är upp till Google att förklara hur man kommer att lösa kommissionens krav på likabehandling av konkurrerande shoppingtjänster.
Google kan också stämmas på skadestånd av privatpersoner och företag som har lidit skada av Googles agerande.
Förutom tisdagens beslut är Google inblandat i två separata konkurrensärenden, där kommissionen redan har dragit den preliminära slutsatsen att Google har missbrukat sin dominerande marknadsställning.
Det ena fallet gäller Androids operativsystem, där kommissionen anser att Google har hämmat valmöjligheter och innovation i en mängd mobilappar och tjänster.
Det andra fallet gäller AdSense, där kommissionen anser att Google har minskat valmöjligheterna genom att hindra tredje parts webbsajter från att visa sökannonser från Googles konkurrenter.
