Det rapporterar Bloomberg News.
Företrädare för EU kräver att LSE avyttrar MTS, en elektronisk handelplats för europeiska statsobligationer, något LSE motsätter sig.
"Mot bakgrund av EU-kommissionens nuvarande ståndpunkter tror LSE att något tillstånd för samgående inte kommer att utfärdas", kommenterar Londonbörsen på söndagen.
Den föreslagna affären aviserades för ett år sedan och redan då bedömdes godkännande från Bryssel vara det största potentiella hindret. Sedan dess har utfallit vid brexit-omröstningen ytterligare komplicerat ärendet.
Inte minst från Tyskland har protester hörts mot att huvudkontoret för den nya koncernen skulle hamna i London. Även från brittiska håll har det rests invändningar. Bland annat har det sagts att ett gemensamt börsbolag skulle kunna försvaga Storbritanniens förhandlingsposition i brexit-diskussionerna.
Helt död är affären dock ännu inte, enligt LSE.
"Styrelsen för LSE är fortsatt övertygad om de strategiska fördelarna med en sammanslagning och den har noterat det starka stödet från aktieägarna. LSE kommer att fortsätta att verka för att fusionen genomförs", uppger bolaget.