Det rapporterar flera internationella medier.
Lee Jae-Yong är formellt vice styrelseordförande i Samsung Electronics och dessutom son till koncernens ordförande Lee Kun-Hee som inte är aktiv i bolaget längre. Lee Jae-Yong räknas därför ofta som Samsungs högsta chef.
Misstankarna rör inblandning i en korruptionshärva som lett till att landets president stängts av från sitt ämbete. Åklagare ska undersöka om Lee Jae-Yong på ett otillåtet sätt försökt få regeringens stöd.
Samsung handlades ned 0,6 procent på fredagen på den sydkoreanska börsen.