EU:s konkurrenskommissionär Margrethe Vestager uppmanade på tisdagen alla EU-länder att se över skattelättnader för multinationella företag och säkerställa att de följer statsstödsreglerna.
"De bör ta en andra titt för att se om lärdomar kan dras från fallen med Apple, Fiat och Starbucks", sade hon vid en presskonferens.
"Det är EU-ländernas ansvar att allt är i sin ordning", tillade hon.
Kommissionen har begärt in information från alla EU-länder om deras användning av förhandsbesked för multinationella bolag.
Hon tillbakavisade påståenden från USA och Irland att lagstiftning tillämpas retroaktivt.
"Retroaktivitet antyder att reglerna har ändrats. Så är det inte. Inga regler har ändrats", sade Margrethe Vestager.
"Och detta är inte ett straff. Detta är obetalda skatter som ska betalas", underströk Margrethe Vestager.
Även om Irland överklagar kommissionens beslut måste landet först återkräva den obetalda skatten. Ett alternativ är att sätta pengarna på ett spärrat konto, sade Margrethe Vestager.
Det är också Irlands ansvar att se till att Apple betalar rätt skatt i framtiden. Irlands bolagsskatt är 12,5 procent.
Konkurrenskommissionären ansåg inte att detta beslut kommer att avskräcka företag från att investera i EU.
"Det är viktigt att vi tillämpar statsstödsreglerna, vare sig det statliga stödet kommer i form av land, pengar eller skattefördelar", sade hon.
Beträffande liknande undersökningar av skattelättnader för Amazon och McDonald's sade konkurrenskommissionären att hon inte kan säga när de blir klara.