"Det finns absolut inte något spår av partiskhet. EU-lagstiftningen tillämpas utan åtskillnad", sade kommissionens talesman Alexander Winterstein vid en pressbriefing på torsdagen.
Han förklarade att EU-lagstiftningen inte tillåter att enskilda företag får skräddarskydda skattelättnader som inte andra företag får. Detta betraktas som en form av statligt stöd. Om sådant konstateras måste stödet återbetalas till EU-landet i fråga, sade han.
På onsdagen utfärdade USA:s finansdepartement en vitbok som kritiserade EU-kommissionens tillämpning av konkurrensreglerna för Apple, Fiat Chrysler och Amazon.
I oktober ifjol krävde konkurrenskommissionär Margrethe Vestager att Fiat och Starbucks betalade tillbaka höga belopp.