Kärn-KPI (KPI exklusive färska livsmedel) för hela Japan sjönk 0,3 procent i april jämfört med samma månad året före.
Analytiker väntade sig att kärn-KPI skulle ha sjunkit 0,4 procent jämfört med samma månad föregående år, enligt Bloomberg News snittprognos.
Det nationella KPI sjönk 0,3 procent i årstakt, väntat var -0,4%.
KPI exklusive både färska livsmedel och energi steg 0,7 procent, väntat var en uppgång på 0,7 procent.
Livsmedelspriserna steg 1,3 procent i april jämfört med samma månad 2015. Priserna på färska livsmedel steg samtidigt 0,2 procent.
KPI i Tokyoområdet sjönk 0,5 procent i maj, jämfört med samma månad föregående år. Analytikerna hade räknat med att priserna skulle ha sjunkit 0,5 procent.
Kärn-KPI för Tokyoområdet sjönk samtidigt 0,5 procent, väntat var en nedgång med 0,4 procent. KPI exklusive både färska livsmedel och energi steg 0,5 procent, förväntningarna pekade här mot att priserna skulle ha stigit 0,6 procent.